2041 год. В результате масштабного прорыва в области кибернетики граждане получили возможность заменять собственные конечности на роботизированные аналоги. Подполковник Мотоко Кусанаги, сотрудница 9-го управления службы безопасности, занимается расследованием деятельности загадочного хакера, известного под именем Кукловод.
В ходе операции выясняется, что преступник обладает способностью проникать в кибернетические импланты и манипулировать сознанием их владельцев. Это создаёт серьёзную угрозу для общественной безопасности и ставит под вопрос саму концепцию технологического прогресса.